深圳通发票可以在深圳通官网、深圳通APP开具电子发票并保存打印，具体流程如下：
一、深圳通官网
进入深圳通官网—个人服务—电子发票—输入卡号、交易日期等信息—点击“查询”即可看到交易日期当天所有充值记录—勾选要开发票的记录—选择“个人”或“单位”—按照步骤填写信息即可开具
申请入口：https://www.shenzhentong.com/Service/index_101007003.html
完成发票信息输入后，点击“提交”，即进入“发票展示页”。如用户电脑已连接打印机，可点击“打印”将开具的发票打印出来。用户也可点击“保存”，将开具的发票保存下来。
二、深圳通APP
进入深圳通APP—找到“电子发票”并点击—填写发票抬头—按照步骤即可开具
三、深圳通自助充值售卡终端
市民可以在深圳通自助充值售卡终端开具和打印发票。